Σύμφωνα πάντα με το ισχύον φορολογικό σύστημα τα κέρδη που αποκτά μια Αφανής – συμμετοχική εταιρεία θεωρείται είτε ότι αποκτώνται από τον εμφανή εταίρο, είτε στα πλαίσια συνεργασίας. Αν έχει προηγηθεί ιδιωτικό συμφωνητικό θεωρημένο στην αρμόδια φορολογική αρχή τότε η εταιρεία φορολογείται σύμφωνα με τους συντελεστές που ισχύουν στην περίπτωση της Ομόρρυθμης εταιρείας που τηρεί απλογραφικά βιβλία. Σε διαφορετική περίπτωση, η φορολογία γίνεται μέσω του εμφανούς εταίρου.
